מעבר לעובדה שניתוח הסרת משקפיים בלייזר כרוך במעט אי נוחות וכאבים בימים הראשונים, ניתן למנות תופעות לוואי שעלולות להופיע, בין אם אלו זיהומים, דלקות, ראיית הילה, טשטוש, סנוורים ועכירות בראיה. עוד סיבוכים אפשריים שניתן למנות (נדירים יותר) הם זיהומים קשים, פגיעה בשקיפות הקרנית ובמקרים נדירים צורך בהשתלת קרנית. הסיבוך הכי קשה, כמו נדיר ביותר, הוא זיהום הקרנית.

 

סיבוך אפשרי הקיים בכל הניתוחים הוא עיוות של הקרנית. שכיח בסוג הלייזר הפועל מתחת לכיפת הקרנית (לאסיק, אינטר לאסיק) ויכול גם להופיע בניתוחי הלייזר הפועלים בשכבת הקרנית החיצונית של העין (A.S.A, לאסק, P.R.K) מדובר על סיבוך נדיר ביותר, שגם לאחר שנתיים של טיפול לייזר מוצלח עלול להופיע. סיבוך אופייני שעלול להופיע בשיטת לייזר הפועלת העל השכבה החיצונית הוא עכירות, או צלקת במרכז הקרנית. סיבוך שעלול להופיע בשיטת הלייזר הפועלת בפנים הקרנית אלו דלקות בין הכיפה לקרנית, צמיחת אפיטל בין הכיפה לקרנית, בעיות בחיתוך כיפת הקרנית (מתלה חופשי, חיתוך חלקי, לולאת כפתור וכיו"ב), תזוזה של כיפה לאחר חבלה קשה גם שנים אחרי הניתוח וקמטים או קפלים בקרנית. בימים אלו, שלא כמו בעבר, המכשור המתקדם כמו הניסיון המקצועי של הרופאים מאפשרים ליהנות מהניתוח ללא חשש, אולם בכל ניתוח כלשהו שעוברים קיים סיכון. בכל מקרה, במידה וחשים כאבים חזקים או שהראיה מתדרדרת ולא משתפרת, יש לפנות מיד לרופא.